Director Internacional en la Fundación Española para la Ciencia y Tecnología
Desde agosto de 2019 ha retomado las actividades de Dirección la de Ciencia Internacional e Intersectorial apoyando al Ministerio de Ciencia e Innovación en la definición e implementación del Programa Horizonte Europa, ayudando a los representantes españoles a trasladar la posición nacional a los foros y comités pertinentes. Dirige el equipo que participa en las siguientes configuraciones de Comités de Programa: ERC, MSCA, EIC Pathfinder, Cluster 2, Infraestructuras de Investigación y Ampliación de la Participación y Fortalecimiento del Espacio Europeo de Investigación.
Anteriormente, desde octubre de 2017 hasta marzo de 2018, Borja ha sido Director General en funciones de FECYT, iniciando el proceso de definición del último Plan Estratégico de la Fundación y posteriormente ocupó el cargo de Director General Adjunto de FECYT. Desde marzo de 2018 hasta agosto de 2019 fue el responsable de coordinar todas las actividades de la Fundación y alinearlas con las tendencias y políticas, especialmente las de Ciencia, Sociedad, Ciencia Ciudadana, Asesoramiento Científico y Comunicación y Apertura del sistema de investigación español y en general, aumentar el valor público de la Ciencia.
Borja trabaja en la Administración Pública Española desde el 2007, inicialmente en el Departamento de Investigación Europeo del Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI), donde combinó una serie de funciones relacionadas con Gestión de Programas y proyectos de investigación internacionales, especialmente del Programa Marco Europeo de I+D+I FP7: como PNC del tema de Energía y representante nacional del Comité del Programa de Energía, Presidente del Comité de Internacionalización de la Alianza Española de Innovación e Investigación Energética (ALINNE), grupo asesor de política estratégica creado por el Ministerio de Economía y Competitividad de España (MINECO) (2011); Delegado en el Grupo de Representación Estatal de la Empresa Común de Hidrógeno y Pilas de Combustible (2009-2013) y como experto Nacional en la Iniciativa Industrial Europea para Smart Grids del SET Plan (Strategic Energy Technology) – (2009-2013).
Durante estos años en el CDTI participó activamente en el desarrollo de las actividades realizadas durante la Presidencia Española del Consejo Europeo en 2010. También apoyo al Ministerio en la negociación del Programa Horizonte 2020.